L'ENSAT fut fondée en 1909 par Paul Sabatier (Prix Nobel de chimie), l'école s’appelait alors l’Institut Agricole de Toulouse. En 1948, l'école s’installe Avenue de Muret et devient École Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse (ENSAT). En 1970, l’ENSAT participe à la création de l’Institut National Polytechnique de Toulouse, avec l’ENSEEIHT et l’ENSIACET. Dans les années 80, l’ENSAT avec les autres établissements du secteur agro-véto toulousain fonde l’un des tous premiers complexes d’enseignement et de recherche agro-vétérinaires français : AGROMIP (aujourd'hui Toulouse Agri Campus). En 1998, l’ENSAT a contribué à l’émergence de l’Agrobiopole en s’installant sur le site de Toulouse Auzeville. Aujourd’hui l’école est au cœur d’un complexe réunissant 55 organismes, laboratoires et écoles, 2700 salariés, 2600 étudiants. Dans ce contexte, les formations dispensées à l’AGRO Toulouse (Ingénieurs agronomes, Œnologues, masters, doctorants, …) bénéficient d’un environnement scientifique et de transfert exceptionnel et unique en Europe du sud, en particulier dans les domaines de la génomique, de la bio-ingénierie, de l’agriculture durable et de l’alimentation, autant d’enjeux économiques et sociétaux aux niveaux français, européen et mondial. Le début du millénaire s’est traduit par une réorganisation de la recherche et la création de laboratoires mixtes en partenariat avec les grands organismes de recherche, INRAE et CNRS, et par une dynamique de réseaux au niveau régional, national et international.