Parti de Bordeaux en novembre 1922 à bord du paquebot L'Europe, Jean Thomas fait une escale à Dakar (Sénégal) le 1er décembre 1922, avant de poursuivre son voyage jusqu'à Conakry (Guinée). Il reste en Guinée de décembre 1922 jusqu'en mai 1923, et y étudie la pêche sur les côtes. De mai à août 1923, il se rend au Soudan français (devenu le Mali), où il se consacre à l'étude de la pêche dans le Niger (entre Kouroussa et Tombouctou). Le classement archivistique respecte l'ordre donné par l'auteur qui a pris soin d'écrire des légendes numérotées pour les photographies positives stéréoscopiques qui lui servaient à des projections.

Une mission en Guinée Française et au Niger, in : Bulletins de la société de géographie de Toulouse, n° 47 (mai 1928), n° 48 (juin 1928), n° 49 (juillet-août 1928)

Les buts de ce voyage sont l'étude des pêcheries, dont Jean Thomas est chargé par le Muséum, et les randonnées à travers l'île de Djerba et les territoires militaires du Sud tunisien (source : bulletin de la Société de géographie de Toulouse, janvier 1930, n° 62). Sur certaines photographies, figure son fils, Pierre Thomas. Le classement archivistique respecte celui de l'auteur dans des boîtes (parfois numérotées) en fonction de la nature du support (plaques de projection, négatifs). Les numéros portés par l'auteur correspondent à l'ordre de présentation des photographies lors des conférences données par Jean Thomas à la Société de géographie de Toulouse. La conférence "A travers le sud tunisien" fait l'objet de trois comptes-rendus dans les bulletins de la société n° 62-64, janvier-mars 1930.

"A travers le sud tunisien", in : Bulletins de la société de géographie de Toulouse, n° 62 (janvier 1930), n° 63 (février 1930), n° 64 (mars 1930)

Le classement archivistique respecte celui de l'auteur dans des boîtes (parfois numérotées) en fonction de la taille du support. L'AEF se compose des pays suivants : le Gabon, le Moyen-Congo (aujourd'hui Congo-Brazzaville), l'Oubangui-Chari (aujourd'hui Centrafrique) et le Tchad.

"A travers l'Afrique équatoriale sauvage", in : Bulletins de la société de géographie de Toulouse, n° 88 (octobre-novembre 1932), n° 89 (décembre 1932), n° 90 (janvier 1933)