L'agence financière de bassin Adour-Garonne est créée par la loi sur l'eau du 16 décembre 1964 tout comme le comité de bassin qui lui est associé. Il s'agit d'un établissement public de l'Etat placé sous la tutelle du ministère en charge de l'environnement et celui en charge des finances. Elle ouvre véritablement ses portes en 1968.
Sa principale mission est de garantir la qualité et la quantité de l'eau dans un contexte de développement de la pollution des eaux et de changement climatique. Son périmètre d'action est le bassin hydrographique Adour-Garonne, dont les frontières sont définies par l'arrêté du 14 septembre 1966. Ce territoire, mal connu à l'ouverture de l'établissement, comprend une partie du littoral atlantique et la totalité des Pyrénées française. Son principal cours d'eau est la Garonne dont l'aménagement est une des préoccupations majeures de l'institution.
La première mandature du Conseil d'administration de l'agence financière de bassin Adour-Garonne s'étend de 1967 à 1971. Le conseil d’administration est installé le 19 janvier 1968 par le préfet Jean-Émile Reymond, les modalités de sa création ont été définis en 1967, par l'ensemble des administrateurs fonctionnaires. Entre 1968 et 1971, l’agence structure son action et ses moyens. Elle met en place des outils d'incitation financière tels que les redevances et les aides financières en définissant des modalités de calcul et de recouvrement des redevances ainsi que les procédures d’attribution des aides financières. Les administrateurs sont chargés d'examiner les demandes d’aides financières et les critères d’émission des redevances. Ils sont assistés de groupes de travail qui deviennent par la suite des commissions permanentes. Ils sont chargés du suivi des programmes d’études lancés par l’agence (campagnes d’études lancées par la Mission technique de bassin en 1965) et de l'élaboration d'un état des lieux du bassin afin de prioriser les actions.
L’instauration des redevances est rapidement mal perçue notamment par les agriculteurs et la représentativité des industriels au conseil d’administration fait débat. Grâce à l’action conjuguée du conseil d’administration et du Comité de bassin, ces tensions s’apaisent au cours des années 1970. Les documents témoignent également du fonctionnement de l’agence naissante, qu’il s’agisse du statut du personnel contractuel ou de ses projets immobiliers.
