Dès le XIIIè siècle, le traité de Meaux (avril 1229) attribua à Toulouse, après Paris et Montpellier, un enseignement officiel de la Médecine.
Aux XIVè et XVè siècle il y eut une Faculté de Médecine confondue avec celle des Arts.
Le XVIè siècle fut un véritable âge d'or pour Toulouse. Elle devint au sens propre et original du mot, le "pays de Cocagne" grâce aux coques de pastel produites dans les campagnes et exportées. Les plus beaux hôtels tel l'hôtel d'Assezat, furent construits alors. L'université brillait d'un vif éclat.
Alors courait le dicton : "Paris pour voir, Lyon pour avoir, Bordeaux pour dispendre, Toulouse pour apprendre".
Au XVIIè siècle, Toulouse fut au contraire en pleine déficience économique et luttes religieuses et survinrent des inondations et la peste. On dût aménager et agrandir des hôpitaux : Hôpital Saint Joseph de la Grave et l'Hôtel - Dieu Saint-Jacques.
La Faculté de Médecine et le Collège de Chirurgie existaient séparément comme ailleurs.
Au XVIIIè siècle, lors de la Révolution, l'Assemblée Constituante (1789-1791) et la Convention Nationale (1792-1795) supprimèrent toutes les corporations susceptibles d'exprimer une opinion, et par là toutes les institutions et établissements d'enseignement, facultés et écoles de médecine comprises. Chacun pouvait exercer la profession qu'il souhaitait. L'état sanitaire de la France en souffrit.
Sous le Consulat, le 18 février 1801, des écoles de médecine furent créées dans 15 villes dont Toulouse. Les diplômes de médecin et de chirurgien furent enfin confondus.
Au XIXè siècle, sous la Restauration, on négligea de rétablir à Toulouse la faculté de médecine alors que d'autres le furent ; elle resta école de médecine.
L'université s'installa au centre de la ville, dans ce qu'on pouvait appeler le "quartier latin" de Toulouse dominé par les clochers des Jacobins, des Cordeliers, du Taur et de Saint-Sernin. Elle tenait ses séances dans le cloître des Jacobins. Les locaux de l'Ecole de Médecine étaient encore rue des Lois.
A la fin du XIXè siècle, les facultés de Droit et de Lettres restèrent au centre de la ville. La Faculté de Médecine et de Pharmacie d'abord, la Faculté des Sciences ensuite émigrèrent dans des bâtiments neufs situés près du Jardin des Plantes, allées Jules Guesde.
Le 8 avril 1891 eut lieu une séance solennelle pour fêter l'élévation au rang de faculté de l'école de médecine et de pharmacie.
Au XXè siècle, Toulouse s'est absolument transformée. Depuis la guerre 39-45, la population a augmenté de 10 000 habitants par an, ce qui contraste avec la stagnation antérieure. Le nombre des étudiants n'a cessé de croître. En médecine, à l'hôpital comme à la faculté, il n'y a pas eu d'initiatives durant les années 50. Les locaux universitaires ne correspondaient plus aux besoins en amphithéâtres, en salles de travaux pratiques et en laboratoires. Les étudiants depuis 1950 sont passés en médecine de 930 à 5200, en pharmacie de 310 à 1170, en dentaire de 280 à 560.
Les hôpitaux (Hôtel-Dieu, Hôpital de la Grave, Hôpital de Purpan) furent rénovés et humanisés par la suppression des salles communes. Ils étaient insuffisants en raison de l'augmentation de la population de la ville et de la région et aussi du développement de la spécialisation et de la technicité médicale.
Les difficultés furent de plus accrues par l'installation à partir de 1958-60 de la réforme hospitalo-universitaire Robert Debré qui instituait la double appartenance hospitalière et universitaire "le plein temps" pour tous les professeurs et les assistants et la fréquentation des hôpitaux par toutes les classes de la société.
Dans la faculté et dans les hôpitaux, il fallait agrandir et adapter. On dépensa des sommes considérables pour des résultats peu satisfaisants. Des préfabriqués occupèrent les cours des facultés de médecine et de pharmacie.
A l'hôpital de Purpan, on s'entassa dans des pavillons construits souvent en préfabriqués, aux dépens du magnifique parc.
La faculté fut obtenue et ouverte en 1968
