Le centre pénitentiaire de Noé, sous la responsabilité du ministère de la justice, est créé le 1er juin 1946 et supprimé définitivement le 31 mai 1950. Il est affecté à la détention des personnes condamnées définitivement pour faits de collaboration par les cours de justice et les tribunaux militaires (de toute la France). Il est implanté sur les lieux du centre de séjour surveillé de Noé en fonction jusqu’au 31 mai 1946.

Au total, sur la période 1946-1950, 2062 détenus ont été incarcérés dans l’établissement pour des périodes plus ou moins longues, auxquels s’ajoutent 85 détenus « passagers », donc en cours de transfèrement d’une prison à une autre et qui ne transitent par le centre que pour une nuit en général (voir le registre d’écrou passagers).

Le fonctionnement de l’établissement s’articule en 2 temps. Du 1er juin 1946 jusqu’au 14 septembre 1947, le nombre de détenus s’accroit. Par exemple, le 16 janvier 1947, le centre compte 1489 détenus (700 sont arrivés dans la journée), puis la population carcérale reste à un niveau important jusqu’à la mutinerie du 14 septembre 1947, où l’effectif est de 1285 détenus. À compter de cette date, le centre pénitentiaire est très rapidement vidé ; seuls quelques détenus sont maintenus sur le site jusqu’à sa suppression le 31 mai 1950.

La mutinerie du 14 septembre 1947 est consécutive au décès d’un prisonnier abattu lors de sa tentative d’évasion par un surveillant dans la nuit du 13 au 14 septembre. Dans la matinée du 14 septembre, une certaine agitation règne, les détenus forcent les portes des baraquements, se rassemblent et ouvrent les portes du centre, puis se rendent en cortège à l’église de Noé pour faire célébrer une messe en l’honneur du détenu décédé. Après la cérémonie, les détenus réintègrent le centre pénitentiaire, certains commettent des dégradations, on constate également que 38 d’entre eux sont absents, ils se sont évadés durant ces événements. 22 évadés seront repris rapidement et condamnés par le tribunal correctionnel de Muret le 7 février 1948 à des peines allant de 1 mois à 6 mois de prison. Les 16 autres toujours en fuite sont condamnés par défaut à 1 an d’emprisonnement. Parmi eux, 6 seront retrouvés et rejugés plus tardivement. 15 surveillants du centre pénitentiaire (ayant fui lors de la mutinerie) sont aussi jugés pour complicité d’évasion par négligence et relaxés par le tribunal correctionnel de Muret le 26 juin 1948.

Les évènements du 14 septembre 1947 entrainent une évacuation quasi-totale de la population carcérale dans un temps très bref. Dès le 17 septembre 1947, 63 détenus partent pour la maison centrale de Caen ; le 26 septembre 700 prisonniers sont transférés vers la prison de la Santé à Paris et ensuite répartis dans les établissements de Rouen, Yvetot, Fontevrault, Arras et Épinal. Fin octobre 1947, il ne reste qu’une vingtaine de détenus à Noé. Jusqu’à sa fermeture définitive le 31 mai 1950, la population carcérale ne dépassera pas 40 individus affectés à l’entretien des locaux et surtout à la culture du potager utile à la nourriture des détenus de centre et à ceux de la maison d’arrêt de Toulouse.

Le centre pénitentiaire de Noé est un lieu de détention pour prisonniers politiques condamnés définitivement pour faits de collaboration durant la Seconde guerre mondiale.

Le centre pénitentiaire de Noé est dirigé par Robert Meuvret puis Alcide Testaud à compter du 3 mai 1947 (arrêté du 24 avril 1947). Au 1er janvier 1947, l’effectif du centre pénitentiaire est de 138 personnes (le personnel administratif regroupe 6 personnes, le personnel de surveillance représente 131 agents auxquels il faut ajouter un agent des services spéciaux).