Les commanderies sont la base de l'organisation territoriale de l’Ordre, destinées à procurer des subsides aux chevaliers. Ils sont généralement nommés par le Chapitre prieural grâce aux listes d’ancienneté établies chaque année. Ce sont donc les plus anciens dans l’Ordre qui obtiennent les revenus les plus conséquents. Exceptionnellement, un chevalier particulièrement méritant peut être nommé par le Grand Prieur ou le Grand Maître en dehors de toute procédure habituelle.
Statuts révisés de l’Ordre de Malte, recueil de textes des XVIème et XVIIIème siècles, illustré de gravures et lettrines.
Archives départementales de la Haute-Garonne, Cote : H2
Cette lettrine illustre la réception ou gestion d’une commanderie. Sur l’image, cette dernière se compose d’une église, d’un château et d’un domaine où un paysan cultive un champ. En bas à gauche, un homme tend la main. Cela pourrait être une représentation des aumônes que le commandeur se doit de verser aux pauvres ou bien figurer la responsabilité du commandeur sur les hommes qui vivent sur la commanderie.
Chaque commanderie est gérée par un commandeur, qui une fois déduits les taxes de l’Ordre et les impôts royaux, garde pour son entretien le produit net de la seigneurie.
Les commanderies se composent d’un territoire foncier, géographiquement discontinu, comprenant terres et bâtiments divers, de droits seigneuriaux et de revenus domaniaux disparates. C’est un espace émietté, juridiquement complexe à l’image de la féodalité :
Aux XVIIe-XVIIIe siècles, les commanderies une fois réorganisées, la préoccupation de l’Ordre se porte essentiellement sur la sauvegarde de ses droits.
Représentation des biens de l’Ordre à Montsaunès.