Un classement par département puis par commune préside à l'ordre des dossiers d'enquêtes sur le ressort de la région comme le préconisaient les instructions de tenue des dossiers à l'attention des personnels du SRCGE. Pourtant, si l'on considère la liste des dossiers communaux complets numérotés transmis au service central fin mai 1946, le numéro d'ordre le plus élevé est égal à 204, le total des dossiers communaux transmis en octobre 1946 est égal à 222, tandis que le nombre relevé par le chef du groupe V du SRPJ en 1950 est de 456. Ce dernier nombre est inférieur au nombre de dossiers communaux constitués lors des classements successifs.
La pratique signalée dans les « fiches de synthèse » établies par le musée au cours du classement de ces dossiers explique peut-être cette différence : « Lors de cette tâche, divers documents ont dû être déplacés dans d'autres dossiers et d'autres, correspondant à de nouvelles communes, ont été créés ». Chaque dossier communal étudié par le personnel du musée a été référencé par le code d'identification INSEE de la commune suivi d'un numéro d'ordre de 1 à n quand plusieurs affaires se sont déroulées dans la commune.
Établir un tableau de correspondance entre les références du musée et la nouvelle cotation attribuée par les archives départementales ne nous paraît pas indispensable car la suite des communes est classée par ordre alphabétique pour chaque département. Les affaires propres à chaque commune sont donc aisément repérables. D'autre part, les dossiers d'enquêtes menées sur les crimes de guerre perpétrés dans les communes du département de Haute-Garonne ont été l'objet d'un dépouillement selon une grille d'analyse propre au musée pour exploitation des informations dans le cadre de ses activités avec le public essentiellement scolaire et pour la réalisation d'une exposition « Blessures de guerre en Haute-Garonne » organisée en 2009. Ces fiches d'analyses et de façon générale les travaux effectués sur les documents ont été transmis par le musée en même temps que les documents d'archives. Le référencement propre au musée figure sous la forme « ancienne(s) cote(s) » pour les dossiers qui avaient été étudiés.
Parmi les départements du ressort de la région militaire de Toulouse, seuls les dossiers concernant les départements de Haute-Garonne, du Gers, du Lot et de Tarn-et-Garonne (sauf quelques communes dont la ville de Moissac) ont été décrits par les agents du musée ou par des stagiaires accueillis. Mais accaparés par leurs activités muséales les personnels du musée n'ont pas poursuivi ce travail sur les dossiers des départements de l'Ariège, du Lot-et-Garonne, du Tarn et des Hautes-Pyrénées. Ces derniers ont été analysés selon les normes archivistiques tout en conservant le principe des relevés nominatifs (sauf les listes nominatives signalées dans les analyses) des noms des victimes, témoins et suspects non diffusés sur internet mais accessibles pour le chercheur, sur la version papier de l'inventaire. Dans la mesure où les victimes de crimes de guerre témoignent parfois, nous nous sommes efforcés de ne les mentionner que dans une seule liste (victimes ou témoins). Enfin ces relevés ont été mis par ordre alphabétique afin d'en simplifier l'utilisation par le chercheur. La même méthode a été observée pour l'analyse des dossiers d'enquêtes relatifs aux services de la Gestapo à Toulouse et Bordeaux, et pour les dossiers relatifs à la division « das Reich ».
Des documents traitant de l'organisation du service avaient été sommairement rassemblés mais non analysés. N'avait pas été identifié comme tel le chrono du service qui, bien que lacunaire, fait état des relations que la délégation régionale entretient dans son environnement administratif et judiciaire. Il est révélateur du fonctionnement du service. L'ordre initial en a été préservé même si les rubriques de classement n'ont pas été toujours respectées par le service lui-même. Il nous a paru important de ce fait, de développer longuement le contenu de certains onglets afin que le lecteur perçoive la variété des questions traitées.
La documentation produite par l'exploitation des informations collectées par le service n'était pas non plus inventoriée. Enfin la mise en évidence des dates extrêmes des dossiers permet de restituer les activités des deux services qui successivement ont exercé la compétence de recherche des crimes de guerre ennemis.
Poursuite et reprise du travail entrepris ont donc été harmonisées afin de livrer au plus tôt à la communauté des chercheurs, l'inventaire de l'intégralité du fonds sauvegardé
